從英大到浙大，再到南農大
1949年8月，英大解散，由浙江大學接管，黃昌澍隨之轉至浙江大學新成立的畜牧獸醫系工作。黃昌澍在浙江大學畜牧獸醫系期間，系主任由虞振鏞先生擔任。虞振鏞是畜牧界的老前輩，早前曾在清華、北大任教，擔任過國民黨實業部、農林部漁牧司司長，他非常信任和器重黃昌澍，令他一起到上海參觀各大畜產品加工廠。隨后，黃昌澍按照虞振鏞的囑托開設“畜產品加工學”一課，受到學生們的歡迎。
在浙江大學期間，黃昌澍一直對試驗情有獨鐘，曾做過“受精蛋的保存”的試驗，并就此發表了兩篇論文和出版兩本科普讀物。
1952年夏，全國院系調整，中央大學和金陵大學兩校農學院合并成立南京農學院，浙江大學畜牧系也隨之并入，黃昌澍與虞振鏞、謝成俠、杜念興等人也來到南京農學院。到南京農學院后，黃昌澍主動擔起了家畜飼養原理和乳業等課程的授課任務，而且還承擔了揚州蘇北農學院畜產品加工課的主講。
1971年，南京農學院被迫遷到揚州與蘇北農學院合并，改為江蘇農學院。在此期間，黃昌澍主持《家畜飼養原理》講義的編寫和教學工作，他嚴格要求編寫教師既要有新材料、新思想，又要杜絕抄襲他校交流的講義。
編著《家畜氣候學》，填補國內學科專著空白
1979年，南京農學院遷回南京，教學、科研等一切走上正軌。1980年，黃昌澍被評為副教授，1986年晉升為教授。在南農期間，他除開設給本科生的“家畜環境衛生學”、碩士研究生的“氣候生理學”等課程，還由農業部特邀到西北農學院講授“動物的行為”課。在科研方面，他主持“六五”國家重點攻關課題“提高高溫季節乳牛產乳量的研究”；“七五”期間，主持國家自然科學基金資助項目“光照對水禽生產性能的影響”和國家重點攻關研究項目“中國黑白花奶牛核心群的選育”的分支課題“熱應激對乳牛產乳量和乳質的影響及控制措施的研究”等。
黃昌澍除教學、科研、培養青年學子外，還不斷完善知識的積累，注重科學知識的傳承。黃昌澍從進入浙江大學任教開始就著手整理其教學、科研心得，參與《農事手冊》的編撰工作。為了引進國外先進的畜牧科技知識，1952年寒假起，黃昌澍開始自學俄文，試譯論文投稿成功，激發了他翻譯的信心，接著又先后翻譯出版了《家畜的放牧》和《實用養牛學》兩本畜牧專業著作。1961年，黃昌澍以自己過去積累的資料和心得體會為上海科技出版社寫了一本《家畜環境生理》的著作，但是因為某些原因未能出版。后來，他又編著了《家畜氣候學》一書，填補了國內該學科專著的空白，并獲得華東地區科技優秀圖書獎。