2005年1月26日，兩家公司又與陜西省政府簽訂了合作協(xié)議。隨后，兩家公司開始投入各類前期工作。同年10月10日，省發(fā)改委下發(fā)批文，明確“該項(xiàng)目的配套井田為波羅井田，面積339.2平方公里，地質(zhì)儲量15.68億噸，可開采量10.98億噸”。
此時(shí)波羅井田的探礦權(quán)，已不再僅僅是一個(gè)“賭博”的機(jī)會。隨著詳查結(jié)果于當(dāng)年8月出爐，探礦權(quán)的價(jià)值由普查階段的1500萬元，已飆升至以10億元計(jì)。
省國土廳在接到兩家公司報(bào)告的九天后，即2005年11月24日，印發(fā)“90號文”，并未就探礦權(quán)的歸屬做出明確表態(tài)，向上級請示的意味明顯。面對爭奪探礦權(quán)的雙方，分管省國土廳的副省長在“90號文”上批示，“按照省政府的明確要求，陜北的煤炭資源委托地勘和煤勘部門代表省政府進(jìn)行普查和詳查，然后根據(jù)‘三個(gè)轉(zhuǎn)化’原則，經(jīng)過評估轉(zhuǎn)讓給省政府所明確的轉(zhuǎn)化項(xiàng)目開發(fā)主體進(jìn)行精查和開發(fā)。所以，西勘院與凱奇萊公司聯(lián)合勘查并不影響中化集團(tuán)的資源精查和項(xiàng)目開發(fā)，所影響的僅是勘查資料評估收益在西勘院和凱奇萊之間如何分享。”
他要求，“現(xiàn)在當(dāng)務(wù)之急是明確評估轉(zhuǎn)讓，由開發(fā)主體進(jìn)入精查和項(xiàng)目啟動。”
一審與重審
但探礦權(quán)被給予其他公司，直接導(dǎo)致西勘院無法履行與凱奇萊公司的合作勘查合同。凱奇萊公司因此以違約為由，將西勘院訴至陜西省高級法院，請求判定后者履行合同。
2006年10月，陜西省高級法院一審判決，雙方的合作勘查合同有效，繼續(xù)履行；西勘院支付凱奇萊公司2760萬元違約金；西勘院將探礦權(quán)轉(zhuǎn)移到凱奇萊公司名下。
西勘院不服判決，上訴至最高法院。該案雖屬民事糾紛，但由于專業(yè)性強(qiáng)，既有市場成分，又涉及到行政審批，最高法院對此極為重視，主審法官曾赴西安約陜西省國土廳、省發(fā)改委、省地勘局等部門座談了解案情，還曾主動邀請陜西省政府派員來北京座談。
隨后，陜西省政府應(yīng)最高法院要求，致函最高法院報(bào)告該省對于此案的意見。在這份報(bào)告中，省政府首次就審批程序問題做了解釋。
陜西省政府認(rèn)為，凱奇萊公司與西勘院簽署的合同屬于無效合同，原因在于，合作合同必須完成備案手續(xù)方能生效。雖然省國土廳曾出具同意雙方合作勘查的協(xié)調(diào)意見（即“65號文”），但由于凱奇萊公司沒有落實(shí)轉(zhuǎn)化項(xiàng)目，省政府并未批復(fù)同意該協(xié)調(diào)意見，雙方也未按照協(xié)調(diào)意見向省國土廳上報(bào)精查階段的備案資料。
據(jù)此，省政府認(rèn)為，備案手續(xù)并未實(shí)際完成。
報(bào)告末尾，陜西省政府“請求最高法院以事實(shí)為依據(jù)，以法律為準(zhǔn)繩，充分考慮和重視陜西來之不易的良好發(fā)展大局，作出公正判決”。顯然陜西省擔(dān)心，若一審判決生效，將可能形成仿效效應(yīng)，對已形成的煤礦開發(fā)秩序造成影響。
了解完上述情況后，最高法院于2009年11月作出二審裁定，原審判決認(rèn)定事實(shí)不清，發(fā)回重審。
在雙方的合作勘查合同里，已涉及到勘查成果的轉(zhuǎn)讓條款。在一審判決中，西勘院須將探礦權(quán)轉(zhuǎn)移至凱奇萊公司名下，即是履行此條款。
對此，在接受最高法院辦案法官詢問時(shí)，時(shí)任省地勘院院長樊晶表示，“合同內(nèi)有轉(zhuǎn)讓的內(nèi)容，涉及與現(xiàn)行法規(guī)相悖的問題。”據(jù)國務(wù)院《礦產(chǎn)資源管理辦法》規(guī)定，“經(jīng)依法批準(zhǔn)，可以將探礦權(quán)轉(zhuǎn)讓他人。”時(shí)任省國土廳助理巡視員魯學(xué)恭表示，“轉(zhuǎn)讓要有探礦權(quán)轉(zhuǎn)讓的批復(fù)。”
省高級法院在重審中認(rèn)為，雙方的合作勘查合同，名義上是合作勘查煤炭資源，實(shí)質(zhì)上是探礦權(quán)轉(zhuǎn)讓，這一點(diǎn)在訴訟過程中也得到了原被告雙方的確認(rèn)。既然如此，那么就應(yīng)按照相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，雙方向?qū)徟芾頇C(jī)關(guān)提出探礦權(quán)轉(zhuǎn)讓申請，待審批后方可履行合同。但雙方只是將所簽合同報(bào)送省國土廳備案，并未完成備案。