然而，形成方案僅僅是新一輪“大部制”改革的開始，未來改革能否成功，并最終實現政府職能轉變，仍面臨諸多挑戰。
“無論是現有大部門的完善，還是新大部門的增設，都應從外延式轉軌到內涵式，否則就會成為五年一次的新瓶裝舊酒。”中國行政管理協會副秘書長沈榮華表示：“如果行政管理體制內部存在的深層次問題依然沒有解決，那(‘大部制’改革)就毫無意義了。”
民政擴權
據《財經》記者了解，此輪“大部制”改革中，一向冷門的民政部將會擴充職權，其社會組織管理、社會建設職能將被強化，并成為新亮點。
在之前的歷次國務院機構改革中，民政部始終沒有進行大的調整，其基本職能亦變動不大。
1988年和1993年國務院兩次機構改革都確定，“民政部是國務院主管社會行政事務的職能部門”。1998年的“大部制”改革中，民政部的職能定位得以延續，但在政府部門序列上將其列入“國家政務部門”，以進一步加強它的行政管理職能。同時，民政部的部分權限也得到調整。比如，農村社會養老保險職能被劃出，并入當時的勞動和社會保障部；承接民辦非企業單位登記管理、抗災救災、退伍軍人和離退休干部安置、勘界等職能。此后，民政部職能再無大規模調整。
目前，除社會組織管理外，民政部承擔的優撫、救災、社會救助、社會福利、婚姻、殯葬管理等職能，多為國家對社會底層的救助幫扶，職能較為局限。
近十年來，社會建設被提到重要地位。十八大報告中更明確指出，加強社會建設要在改善民生和創新社會管理的進程中實現。而在社會管理創新中，對社會組織管理的改革是重要內容。2006年10月召開的中共十六屆六中全會中，“民間組織”的表述首次變更為“社會組織”，具體包括社會團體、基金會、民辦非企業單位三類，其登記管理職能歸屬民政部門。
長期以來，中國對社會組織實行登記管理與業務主管單位的“雙重管理”，即在民政部門登記注冊之前，社會組織須找到一個政府部門或其下屬機構充當“業務主管單位”。這造成大量草根組織無法注冊，游離在灰色地帶。而登記在冊的社會組織，多和政府部門有千絲萬縷聯系，部分異化為“二政府”，代為行使行政職能，甚至成為腐敗重災區。
民政部民間組織管理局副局長楊岳曾對《財經》記者表示，目前一些行業協會已淪為政府部門的“小金庫”，政府部門不便收的錢由協會收，又回流到政府部門，從全國性行業協會到地方性行業協會概莫能外，以致中紀委把行業協會列為治理腐敗的重點領域。
由于“雙重管理”，不少全國性社會組織的實際管轄權分散于各部委，民政部門缺乏有效監管手段，只能在登記注冊時進行資格審查，日常監管主要依靠年檢，且往往流于形式。
民政部民間組織管理局內部人士對《財經》記者表示，此次“大部制”改革中，強化民政對社會組織的管理權，廢除被詬病已久的“雙重管理”，是最有可能的方向。
實際上，在此前的修法進程中，這一方向已露端倪。2011年3月，《基金會管理條例(修訂草案送審稿)》中，即已明確基金會不再需要業務主管單位，民政部門成為唯一的登記管理機關，原有的分散管理模式向集中管理過渡。后來這一草案送審稿雖未公開征求意見，但了解修法進程的人士稱，民政部門擴大監管權已成必然。
《基金會管理條例(修訂草案送審稿)》中增加了大量對民政部門的授權條款。比如，登記管理機關履行監督檢查職責時，可以采取現場檢查、調查取證，以及查閱復印有關文件、證照、賬簿、電子數據等方式，并可根據需要對印章和有關資料臨時封存。