廖磊到任后，基本沿襲了李宗仁的政策。國民黨主力撤出徐州后，當時的安徽臨時省會六安也面臨被迫遷移。CC系分子極力主張將省會遷向皖南第三戰區司令顧祝同的轄區，以擺脫新桂系對皖的控制。新桂系當然反對，最后將省會遷到地處大別山區、同重慶的聯系不便的立煌(今金寨)。廖磊并規定，“用人必須由省府委派，各廳不能擅自任用”，將人事大權完全掌握在自己手中。他多次向軍隊和民眾發表演講，闡述放棄武漢的意義是為了“貫徹持久戰以消耗敵人”。廖磊指出他要做9件事:“一、征辟地方紳耆，延攬人才，共濟時艱；二、妥籌難民生計，成立難民救濟會，設立難民工廠；三、蠲免淪陷區域田賦；四、推行農村合作貸款，改正農村經濟，活動金融流通；五、保障法幣流通；六、撲滅漢奸及偽組織；七、重行整編民眾武力，寇來大家出擊，無事各自歸農；八、鏟除貪污；九、肅清盜匪。”同時也向民眾提出3點希望:“一、堅定必勝信心；二、協助軍隊作戰；三、幫助政府除奸。”廖磊把民眾動員、組織工作列為首要任務，親自確定了完備的工作計劃和方針，進一步健全動委會各級機構，如在省動委會增設了文化事業委員會、婦女工作委員會，以開展敵后文化、婦女工作。廖磊還著手將各地方武裝統一改編為“抗日人民自衛軍”，分為六路，人數達十萬之眾，命他們在淮河兩岸地區向敵開展游擊。經廖磊的一番經營，安徽“竟形成令人羨慕的小康之局”，“比大后方還要安定繁榮”。
1939年秋，廖磊因高血壓逝于立煌。由于廖磊主持皖政不過一年，很多工作僅處于起步階段，李宗仁、白崇禧隨后推薦“新桂系”的李品仙繼任安徽省府主席，得到國民政府的認可。李品仙上任后強調，“要鞏固大別山敵后作戰之根據地，勢須先將安徽省加以整頓和建設，把政治、經濟、文化統統動員起來，支援軍事需要，使其成為敵后堅強的堡壘”。為了表示公正無私，他將桂系立煌、霍山、六安三縣縣長以貪污、走私罪拘拿執辦，不料卻引起其他桂系的憤慨，聯合告到了李宗仁那里，風波好久不能平息。“新桂系”控制安徽時期，曾設立了“安徽省貨檢處”和“立煌企業公司”，使之成為他們部隊經濟的兩大支柱。1941年春，湯恩伯部進駐豫皖邊，與李品仙爭奪財源。李宗仁當即告誡湯恩伯:“別的省可以由你處理，安徽的事你不能管”，但中央軍依然我行我素。由于國民黨內部傾軋，1942年底，桂系自夸為“金城湯池”的立煌，被幾千日軍攻入，一把火讓“公私財產的損失無法估計”。等到援軍趕到，日軍已自行撤退。雖然如此，通過抗戰，桂系對安徽軍政大權的控制終于建立起來。