熊丙奇認為，國務院對《綱要》給予“基本成熟”的評價是比較中肯的。從這個“基本成熟”的定性看，《綱要》在執行中完善還有很大的余地。因為這個《綱要》中的共識是在現有物質條件與教育理念的環境中達成的。教改的推進、教育的發展和時代的進步，又會逐步具備達成新的共識的條件。
比如將一年學前教育納入義務教育，或可成為5年后的教育議題；2012年國家財政性教育投入達到4%后，再對2020年的教育投入比例進行規劃，或可提上政府議事日程。
近兩年，關于落實大學辦學自主權，以及大學去行政化、去官化、去功利化的社會呼聲很高，以至一些教育官員、大學校長在“兩會”和一些論壇上也慷慨陳詞，可是，這并不說明高等教育改革已經取得共識。熊丙奇說，很多情況下大學領導與民間似乎在談同一個問題，其實理解卻相去甚遠。這是《綱要》執行過程中值得警惕的。
比如大學學術權和行政權分離，公眾的理解是校長與行政官員不再從事學術研究，只負責管理和服務，以避免利益均沾，而校領導的理解是校長、行政官員不再在學術委員會等機構里擔任職務，自己院士照評、教學名師照當；關于落實高校辦學自主權，公眾的理解是大學要恢復教育屬性，淡化行政色彩，而校領導的理解卻可能是進一步提高大學的行政級別，這樣當地政府就因大學級別高而難以干涉。
熊丙奇認為這種現象很好解釋。因為每一種主張背后，都代表著各自的利益訴求。世界一流大學的做法通常是利用設立的利益博弈機制加以調節，從大學理事會到教授委員會、學生自治委員會，所有的共識與共同行動，都是博弈的結果。
“落實和擴大學校的辦學自主權，是教育體制改革問題的繼續。未來10年間，至少在后期才能談到"擴大"，而前期則是對《教育法》《高等教育法》已經規定的學校辦學自主權怎樣"落實"。”熊丙奇說，我國這方面的法律已經十分明確，遺憾的是至今各級各類學校的自主辦學空間還相當有限，原因除了政府部門掌握財權、人事權，學校必然依附行政機構之外，還有政府部門干涉學校辦學自主權的行為，并不受法律制約。這需要依法治教，嚴格按照法律規定，對政府部門違反法律規定的辦學行為問責。
他認為，“《綱要》能否開啟中國教育的新局面，就取決于對已經達成的教育改革共識的實踐，以及對教育改革共識的不斷增進和擴大。”