軍統主要對付共產黨，如1949年11月14日，中共黨員江竹筠在重慶渣滓洞監獄被保密特務處決。
1949年后大陸
1949年國民政府撤退到臺灣后，一部分軍統留在大陸進行暗殺，破壞，情報等活動。克什米爾公主號就是保密所為。中華人民共和國政府對軍統嚴厲鎮壓，鎮壓反革命運動中，軍統在大陸人員，除了與中華人民共和國政府合作者，一律槍決或重刑。到1950年代中，軍統在大陸大致肅清。
以后的政治運動中，如肅清反革命運動、四清運動、清理階級隊伍運動(文化大革命運動的一段插曲)，一次又一次追查殘余軍統人員以及和懷疑曾和軍統有關的人物，“活人要落實到人頭，死人要落實到墳頭”。到1976年后，不再提及軍統。
遷臺后的軍統局
1949年國府遷臺。1950年，保密局恢復正式編組，于臺北士林芝山巖設立局本部，持續執行情報搜集，并參與臺灣省工作委員會案及臺北市工作委員會案等案件。1955年，情報機構改制。保密局改組為國防部情報局。保防偵查等業務撥歸“司法行政部調查局”接管(今法務部調查局)。一般說來，該階段先后實際執行者為毛人鳳與蔣經國。
1984年發生江南(微博)案，當時之情報局長汪希苓亦被捕入獄，情報局再次大改組。1985年7月1日，情報局與國防部特種情報室并編成立軍事情報局，隸屬國防部參謀本部，受參謀總長直接指揮。
軍統內的紅粉軍團
為了在抗戰中執行特殊任務，戴笠在軍統內部組織和發展一支由青春少女組成的“紅粉兵團”。其中，有號稱軍統電譯專家的女少將肖毅英；有人稱“關東黑牡丹”的女教官徐宵白；有天生麗質、誤入軍統巢穴卻又不甘沉淪的單純女學生姚美齡；有中央大學才華橫溢的高材生、被戴笠霸占又遭拋棄的英文秘書余淑衡；有癡于一夜之情至死不肯醒悟的女特務周志英；有槍法嫻熟、在敵偽孤島勇刺漢奸的女殺手蔣美美；有被戴笠染指又打入冷宮的朝鮮族女保鏢金淑子。（新浪網）