方舟子13日發布微博稱正式起訴崔永元侵害其名譽，索賠30萬，要求其刪除微博登報道歉。
方舟子起訴崔永元侵害名譽權的民事起訴狀中寫道，2013年9月崔永元發微博信息：“#轉基因食品，你吃嗎#你可以選擇吃，我可以選擇不吃。你可以說你懂‘科學'，我有理由有權利質疑你懂的‘科學'到底科學不科學。你可以說我白癡，我也可以說你白吃”。之后，原告發微博：“你當然可以選擇不吃，但是不要傳謠阻礙中國農業技術發展。我科普的是各國際權威科學機構認可的科學，你根本不懂，有何資格質疑？”雙方進行了爭論，原告指出被告許多言論沒有事實依據。再后，被告轉各種各樣的涉及原告的謠言，對原告進行人身攻擊；被告還發表了數十條對原告的侮辱、誹謗微博。
“經初步整理，發現被告崔永元自2013年11月15日起先后發表了數十篇微博信息攻擊原告，其中有‘我不認為這些錢都是肘子嗑普騙來的，肯定還有其它的騙法’、‘以肘子為頭目的網絡流氓暴力集團’、‘肘子最臟，坑蒙拐騙都干過，可它是三無人員臉皮又奇厚’、‘肘子一邊300萬美元在美國買豪宅一邊在網上哭訴安保基金不夠用了’、‘騙子’、‘流氓’等大量明顯侮辱、誹謗原告的內容。”
方舟子的起訴狀中寫道，崔永元發表的涉案微博，要么是沒有事實依據的、肆無忌憚的惡意誹謗，要么是惡毒的公然侮辱，使原告名譽受到嚴重損害，明顯已違反相關法律規定、侵害了原告的名譽權。 在原告公開表示要對被告提起訴訟后，被告崔永元非但不收斂其不法言論，反而繼續肆無忌憚地惡毒侮辱、誹謗，故足見其惡意。
原告方舟子認為，崔永元之行為已構成對原告名譽權之侵害；其主觀惡意、過錯明顯；通過網絡傳播侮辱誹謗信息，侵權、違法性質極其惡劣，影響極壞。
去年9月，在一場轉基因玉米試吃活動中，科普作家方舟子說了這樣一句話："品嘗轉基因玉米雖無科學研究價值，但有科普價值，應當創造條件讓國人可以天天吃轉基因食品。"事關風口浪尖的轉基因技術，這句話激起不小波瀾，有一位非常有名的回應"你可以說我白癡，我也可以說你白吃"，一個是病字頭那個，癡顛的癡，一個是白吃飯的吃。
幾個月來，方舟子和崔永元的嘴仗是不斷升級，如今，即將蔓延成一個法律問題。方舟子日前在微博里表示，崔永元對自己造謠、誹謗，將追究其法律責任。崔永元也不退步，回應稱“肘子’終于決定告上法院了，太好了！就等這一天呢！咱們法院見！”。（中國廣播網）