盡管已于大年初三恢復了訓練，但孫楊的訓練依舊沒有恢復正常，和教練朱志根的矛盾也沒有完全消弭，因此最近一段時間，孫楊更多的時間都是在單獨訓練，偶爾還要往返于北京和杭州，為他受傷的右肩做些檢查和治療。
從去年年末的昆明冬訓算起，圍繞著女友和教練的各種紛擾，讓孫楊始終沒能進行正常而系統的訓練，這對于4月1日即將參加全國游泳冠軍賽的“大白”來說，顯然不是好消息。作為7月世錦賽的選拔賽，此次冠軍賽的意義不言而喻。“孫楊雖然底子好，但之前的冬訓因為各種各樣的問題沒能很好地完成，肯定對他今年的成績有所影響。”新華社游泳專項記者周欣就曾表示過類似的觀點，而冬訓的不系統也是朱志根此前最為生氣的一點。
為此，2月19日，國家體育總局的兩位領導專程飛抵杭州，協調孫楊和朱志根的矛盾。“雙方基本達成了初步的意向，其中最重要的一點就是要求孫楊必須盡快恢復系統訓練。”據浙江體育職業技術學院副院長張亞東透露，孫楊恢復正常訓練的時間定在了3月1日，“如果沒有特殊的情況，應該不會變。”
盡管沒有正面回答，但從種種跡象可以看出，一旦孫楊恢復正常訓練，那么也將意味著他和朱志根的冷戰將暫時告一段落。考慮到恢復需要時間，在冠軍賽前再赴高原集訓已經變得不太合適，至于究竟是在北京還是在杭州進行訓練，學院方面仍然需要最后定奪。“孫楊現在經常會變換訓練地點，比如昨天在學院，而前段時間就在北京。”張亞東說道。
據熟悉孫楊的知情人士透露，孫楊之所以經常往返于北京和杭州，最主要的還是治療他的肩傷。“除夕前的那次赴京，孫楊因故沒有在陳方燦博士那里完成治療，所以大年初三歸隊后，他又去了一次，17日就返回了杭州。”