在其人生最為“鋒利”的階段，王澍的事業卻遭遇低谷。1988年，從南京工程學院碩士畢業的王澍因為“覺得工科建筑教育太沒意思、太保守”而到中國美院“辦建筑教育”，卻不承想并沒當成老師，反而進了美院的公司。
“實際上當時的條件不成熟，因為那時中國的藝術界可以說對建筑完全不了解，也沒有什么強烈的愿望。人們以為當時是工科系統不想要美術學院辦建筑系，實際上恰恰相反。我當時來美院的時候這里叫環境藝術系，也是為了辦建筑教育辦起來的，但沒辦成，就辦了環境藝術系。即使是這個系，也是當時建設部和工科系統強烈要求美術學院辦起來的。他們也覺得工科的系統有些問題。但美術系統呢，不愿意，覺得這是建設部的事，不是文化部的事。”王澍說。
他很快因美院公司的工作太過“沒意思”而主動失業。有將近六年的時間，王澍成了一個沒有工資、沒有社會和醫療保險的“自由人”。他在西湖邊長坐一整天，或者與建筑工人們一起做工的歲月，是妻子、同為建筑師的陸文宇靠一個人的工資養活了一家人。
當然他也偶爾接少許工程賺錢。“主要做的是裝修類，但是我按建筑方法做，因為我對裝修其實不感興趣，那純粹是一種商業方式。”這期間的主要作品為浙江美術學院國際畫廊、豐樂橋地下通道、孤山藝術家畫廊等，均已被拆除。
1995年，王澍前往同濟大學建筑系攻讀博士學位。他在2009年與詩人陳東東的對談中解釋讀博的動機：“不光是為了進入建筑教育系統，而且更是想回到正常的社會系統。”也是在讀博士期間的1997年，王澍與妻子陸文宇成立“業余建筑工作室”。
2000年，博士畢業后的王澍正式進入中國美術學院工作，同期完成了他的第一個主要作品—蘇州大學文正學院圖書館。在這個作品中，他“離經叛道”的思想開始走向實踐—由山走到水，四個散落的小房子和主體建筑相比，尺度懸殊；水中還有一座亭子般的房子，是“詩歌與哲學”閱覽室—對環境的密切關注成為貫穿王澍建筑哲學的核心。如何讓建筑自然地存在于“山”和“水”之間而不突出，以及蘇州園林的造園思想是他設計這座圖書館的沉思背景。2004年，王澍憑這個作品獲得中國建筑藝術獎。
“我對學生們常說的有三句話：在作為一個建筑師之前，我首先是一個文人；不要先想什么是重要的事情，而是先想什么是有情趣的事情，并身體力行地去做；造房子，就是造一個小世界。”近幾年，王澍癡迷于“造園”，每年春節都帶著學生看園子，“在這個浮躁喧囂的年代，有些安靜的事得有人去做，何況園林這種東西。”
但就在王澍開始探討園林，并將中國傳統融入建筑設計的時候，曾一度被同行們指責為“背叛了現代建筑”。“有關我的爭議一直沒有停止。”在媒體見面會上，王澍毫不諱言。他的確算是中國建筑界的“異類”，“我必須從拆遷、超級建筑以及快速致富的中國建筑系統中逃離開，我想那個系統太強大了，讓人不舒服”。
或許正是因為這種逃離，王澍的建筑作品走了一條截然不同的路。“王澍的作品扎根本土并展現出深厚的文化底蘊，他證明了中國的建筑不全是平庸的批量生產和張揚設計的復制。”或許，本屆“普里茲克建筑獎”唯一的華人評委張永和的評價詞，再好不過地概括了王澍的道路。
王澍最為著名的設計作品之一“寧波博物館”，其設計靈感是在凌晨三點“幡然醒悟”。“我要讓普通老百姓知道，他們生活的城市曾經是什么模樣。”那一夜，他的設計圖一氣呵成。這個樣子古怪的現代設計讓人回想起中國古代的要塞。這座博物館建在了日新月異的寧波城中心，王澍使用的技術是如今成為他個人標志的“瓦爿墻”—這種技術來自寧波地區的民間傳統建造，使用回收舊磚瓦進行循環建造。