焦占軍不以為然。“我們和閆亞平是承包關系，即使存在偷稅行為，我最多負的也是領導責任。”他告訴記者。
2000年12月28日，安國市國稅局以其認定的偷稅額減去多交稅款和已補交的20萬元款項，出具了稅務處理決定書，責令大仁藥業補交稅款158萬余元，并加收滯納金127萬余元。焦占軍那輛象征身份的紅旗轎車隨后被扣押。
焦占軍終于急了。他一紙訴狀遞至保定市中級人民法院行政庭，狀告安國市國稅局不執行國家稅法。但未及立案，這次起訴就被保定市國稅局調解下來，紅旗轎車被歸還了。
“為什么他們不敢對簿公堂？因為他們沒有執行國家稅法，按照國家稅法規定，增值稅以商品增值部分乘以17%計算，而安國當地當時卻有一條‘土稅法’,即只要使用票據，不管是否增值，國稅局和地稅局都分別要收取票據數額1%的稅款。”焦占軍告訴記者，這也是閆亞平為何要開具“大頭小尾”發票的原因，“增值稅是逃不了的，要逃的是‘土稅法’”。
在最后的判決里，國稅局的這份處理決定書，被認定“適用法律錯誤”。
突如其來的偷稅罪
焦占軍以為事件就此平息，卻未想這只是開始。
時隔半年，2001年7月3日，安國市公安局、檢察院以稅務局的處理書為依據，突然將焦占軍刑拘，同年8月批捕。10個月之后，安國市檢察院以涉嫌虛開增值稅發票罪對大仁藥業、焦占軍和閆亞平提起公訴。
法庭上焦占軍辯稱，閆亞平和安國市中藥材供銷公司簽有承包協議，因此閆亞平的犯罪行為與大仁藥業和焦占軍沒有關系。未想同為被告人的閆亞平卻否認說，她并沒有與焦占軍簽訂承包協議，協議上的簽名不是她寫的，對檢察機關指控的罪名沒有異議。
2003年1月，安國市法院最終以偷稅罪一審對大仁藥業判處罰金366萬余元，追繳違法所得183萬余元；判處焦占軍有期徒刑4年，并處罰金183萬余元；判處閆亞平有期徒刑3年，緩刑3年，并處罰金178萬余元。
宣判后，焦占軍上訴到保定市中級法院，中院以事實不清為由撤銷原判發回重審。
重審中，焦占軍提供了17份總額169萬元的稅票，稱是大仁藥業應抵扣而未抵扣的稅票。他提出，北京同仁堂給大仁藥業的貨都是帶稅商品，大仁藥業在購貨時已經按價稅付款，有這些發票證實。
大仁藥業從同仁堂購入貨后，以低于進貨價賣出，并未增值，不產生增值稅。焦占軍向《法制日報》記者解釋說，因為我國對中成藥的市場價有統一規定，因此大仁藥業在與同仁堂的合作中都是將中成藥以低于進貨價賠錢銷售，然后從草藥方面盈利以彌補虧空。
幸運的是，法院在最終的判決中確認了這169萬元稅票是大仁藥業在購貨時按票上價稅付款；而不幸的是，這僅被作為“從輕處理的情節予以考慮”。
2003年7月20日，安國市法院將焦占軍的刑期改判為有期徒刑3年，緩刑4年。罰金和違法所得未作變動。
此時，焦占軍被拘押已經2年零17天，患上了糖尿病、心臟病等多種嚴重疾病。在繳納了7萬元的保證金后，他被從看守所里放出來。他告訴記者，躺在看守所里，他唯一的信念就是：“我一定要活下來。”
8年申訴終獲清白
在重獲自由后的第三天，焦占軍拖著病體開始了申訴、上訪之路。在此后的8年中，焦占軍變賣了所有家產，鼓動全家人四處舉債，成了上訪專業戶，而案件也經歷了多番輪回。
2003年11月26日，在多次前往河北省反映情況后，時任省人大內司委主任看到了他的材料，并批轉省高院立案庭庭長查復，后又批轉至保定中院，中院轉到安國市法院立案復查。此后多年雖時不時有一些好消息出現，但沒有絲毫實質性進展。