總體而言，新三板的交易規則開始“向主板靠攏”，更規范，也會更適合規模逐漸擴大后頻繁交易的市場需求。
不過，業內人士認為，對于投資者而言，新三板畢竟是適應“場外交易”特點的，它的風險不容忽視：
其一，企業的創設標準門檻較低，無論在規模還是實際盈利方面，條件要寬松得多，甚至有些科技型企業還完全沒到盈利期；其二，信息披露和監管方面要求不高，這些企業還不是嚴格意義上的上市公司，所以在信息披露的規范、及時、全面上，都會對投資者存在很大的“信息不對稱”；其三，畢竟是新生市場，場內流動性不足，交投不活躍，投資者在賣出時沒那么容易。
其實，吸引私募、創投等各類資金參與新三板的關鍵制度設計是“轉板”。在新三板經過一段時間“孵化”之后，如果公司的盈利前景已經明朗，公司制度設計也基本到位，就可以“轉”到主板或創業板、中小企業板IPO(公開募股發行），這將給提早入主新三板的投資機構巨大的回報。
據清科研究中心統計，目前新三板已有7家企業，先后成功在中小板和創業板上市進行公開融資。截至今年9月，通過定向增發、股權轉讓或是系統買入方式投資“新三板”已掛牌企業的風險投資和私募股權機構，已達42家，涉及企業30家，投資總額約為4.97億元。
中國政法大學資本研究中心主任劉紀鵬很早就提出，新三板的定位就是“孵化器”和“搖籃”，它應該是中國多層次資本市場體系的“第一級臺階”。如果把中國資本市場體系比作教育體系，新三板就像“小學”基礎教育，這樣就形成為中小企業服務的“小學(新三板)、中學(創業板)、大學(主板)的資本市場體系”。
不過，就像對中國教育制度的詬病是小學“管得太嚴”一樣，如果新三板的設計思路是以辦精品大學的思路推進，總想著“建世界一流”，就可能出問題。
他表示，在制度設計上“證監會要放權，審批制肯定不行，一定要備案制”，這樣才能讓新三板企業“寬進嚴出”，監管部門“有形的手”不能揮得太高，不要處處都想體現出“行政關懷”。
恰恰是“新規則”不透明，對新三板一直以來持“越早越好”支持態度的劉紀鵬，在新三板擴容在即的情況下，反而變得謹慎起來。“如果沒有拿出解決辦法而急于推出新三板，創業板的惡名很容易在新三板復制，其影響面將會更大。”
在他看來，如果沒有新規則支撐，新三板難有美好未來。
為資本市場“畫龍點睛”
經濟學家李才元則格外看好新三板的未來。他比喻，新三板出臺可能是中國金融制度建設特別是資本市場的“最后一公里”。尤其是以新三板為標志，“科技金融”將掀起第三次金融浪潮，這甚至是中國股市未來發展的唯一出路。
中國為了推進科技生產力創新，曾經在高校力推“211”工程。而專設為高新科技企業服務的“新三板”，也應有自己的“211”工程。這被李才元稱為“兩低一高一嚴”：“兩低”指進入門檻低、日常運行成本低；“一高”指違法違紀成本高；“一嚴”指嚴格把關科技型企業。
新三板的門檻低到什么程度？只要有科技立項、產品立項就能進入，科技發明只要獲得專利、成立公司就可以；在盈虧指標上，不設硬性標準，要給“無盈利的科技型企業雪中送炭”。這才能體現新三板的“科技孵化器”功能。