調整編制體制，提升快速反應能力
冷戰結束后，來自蘇聯的威脅消失，日本面臨的安全威脅轉為“新型威脅和多種事態”。日本開始推進自衛隊改革，調整陸上自衛隊編制體制，目標是構建一支“多能、靈活、有效”的防衛力量。對陸上自衛隊的“瘦身”首當其沖，重點是壓縮部隊規模，減少重型裝備，使部隊由傳統的重裝型向靈活機動型轉變。
從1996年開始，日本開始改革冷戰時期確立的陸上自衛隊“13師2混成旅”編制進行改革，并于2009年度完成并確立“9師6旅”的編制，形成由政經中樞、沿岸部署、戰略機動等多種類型師、旅組成的陸上自衛隊。
2006年度末，日本在朝霞基地新編中央快反集團。該集團由日本防衛大臣直接管轄，是一支具有戰略預備隊性質的快速反應部隊，總兵力約4500人。中央快速反應部隊有“自衛隊味精”的綽號，因為它整合了陸上自衛隊幾乎所有能第一時間出動的精干力量。
后來又經過幾次整編，至2013年度末，陸上自衛隊形成了8個普通師、1個機動裝甲師、6個旅、5個混成旅和中央快反集團的編制。其中，中央快反集團和1個裝甲師為機動作戰部隊，其余8個師和6個旅為平時固定部署部隊。
2013年的新防衛計劃大綱提出，日本將在陸上自衛隊中設置新的司令部——“陸上總隊”，以統領陸上自衛隊北部、東北、東部、中部、西部五個方面隊（相當于軍區），屆時“中央快反集團”將撤編，轉隸至“陸上總隊”。同時對目前的兵力結構進行調整，形成由3個機動師、4個機動旅、1個裝甲師、1個空降旅、1個直升機旅和1個水陸兩棲機動旅組成的“機動作戰部隊”，其余5個師和2個旅作為平時固定部署部隊。其特點是加強機動作戰力量，同時保持和軍區的地域守備力量，形成地域守備和機動應變的雙型部隊配置。目前，這項改革尚在進行中。
建立聯合作戰體制，與美軍無縫對接
美國、俄羅斯等國家在軍事轉型中相繼建立了聯合作戰指揮體制。日本作為美國的重要盟友，在指揮體制上也追隨美國，逐步建立起既適合本國國情，又方便與美軍對接的聯合作戰體制。
日本于2006年3月27日正式成立聯合參謀部，同時撤銷參聯會，建立起以聯合參謀部為核心的聯合作戰指揮體制，把原來各軍種參謀長的作戰指揮權統一收歸到聯合參謀長手中，各軍種參謀長被剝奪作戰指揮權，由聯合參謀長指定聯合任務部隊指揮官對部隊實施統一指揮。各軍種參謀長退出指揮鏈后，專門負責本軍種的建設、訓練、人事和管理等工作，成為“力量的提供者”，而聯合參謀長成為“力量的使用者”，從而建立起軍政軍令分開的一元化指揮體制。聯合參謀長直接向首相負責。
日本自衛隊新的聯合作戰指揮體制鏈條為“聯合參謀長—聯合任務部隊司令（各方面隊司令或中央快反集團司令、聯合艦隊司令、航空總隊司令或未來的陸上總隊司令等）—聯合任務部隊”三級指揮體制。
特別需要注意的是，作為美國在亞洲最重要的盟友，日本的聯合指揮體制還要和美軍對接，便于實施高效的聯合作戰。2012年3月，日本航空自衛隊航空總隊司令部遷入駐日美空軍司令部橫田基地，同時在橫田基地設立“日美聯合作戰協調所”。2013年3月，陸上自衛隊中央快反集團司令部從朝霞駐地遷入駐日美軍陸軍第1軍司令部的座間兵營（神奈川縣），另外，海上自衛隊與駐日美海軍第7艦隊同在橫須賀基地。因而，日本陸海空主要司令部與美軍太平洋戰區三軍戰術司令部已經實現整合，自衛隊的三級指揮體制與美軍的三級指揮體制分別對應，戰時可實現指揮鏈的“無縫對接”：日聯合參謀長對應美太平洋總部或中央總部等戰區司令；日各軍區司令或中央快反集團司令（或未來的陸上總隊司令）對應美陸軍第1軍司令，日海上自衛隊聯合艦隊司令對應美第7艦隊司令，日航空總隊司令對應美駐日空軍司令；日聯合任務部隊對應美聯合特遣部隊。