順治帝親政后，盡管歲數還不算大，但在朝臣的輔佐下，其政績還是不錯的，雖然沒有把國家治理得國富民強，但基本上還是做到了興利除弊。其實在歷史記載上，有關他治理國家的部分并不占主導，更多的還是他個人生活的記錄。順治帝的家庭生活并不是甜蜜和諧的。當時，順治帝雖然只有14歲，但卻過早地走入了男女兩性世界，那時候的人結婚都比較早，尤其是帝王家，順治帝也不例外。
順治八年(1651)八月十三日，在北京的紫禁城里，大清帝國舉行了入關以來的第一次皇帝大婚。
順治帝的皇后博爾濟吉特氏，不僅聰明機智，還是出了名的美女，而且出身高貴，是蒙古科爾沁卓禮克圖親王吳克善的女兒，孝莊皇后的娘家親侄女，順治帝的親表妹。按理說，順治帝的這門婚姻，不僅門當戶對，還是親上加親的“姑表親，輩輩親”。然而出人意料的是，在兩年后，順治帝與這位年輕漂亮的表妹皇后，不僅反目成仇，還搞起了分居生活。
順治十年(1653)的一天，順治帝令大學士馮銓等人查找前代是否有廢皇后的先例，盡管沒有說明什么原因，但是，其用意已經很顯然，那就是要廢掉現在的皇后。朝臣聞訊，百般勸阻，順治帝主意已定，并不更改，手諭“無能，故當廢”。群臣見此，皆議論紛紛。禮部員外郎孔允樾上奏順治帝：
皇后正位三年，未聞失德，特以“無能”二字，定廢嫡之案，何以服皇后之心？何以服天下后世之心？君后猶父母，父欲出母，即心知母過，猶涕泣以諫，況不知母過何事，安忍緘口而不為母請命？
朝廷重臣的惶恐沉痛之論，于紙上很是動情，看得人不禁眼淚汪汪的。但此時的順治帝不為其所動搖，并嚴厲斥責道：
朕納后以來，緣志意不協，另居側宮已經三載。從古廢后遺議后世，朕所悉知。但勢難容忍，故有此舉。
盡管順治帝如此表白自己廢后的決心，但仍有14名御史再次懇請順治帝收回成命，并建議：皇后仍位中宮，可以新立東、西兩宮。順治帝雖然不同意，但是苦于群臣的苦諫，也不好強硬下旨，一時還真沒有了辦法，只是有些郁悶，后又生病。孝莊太后見此，不僅同情，更為擔憂，在心里掂量了很久，侄女與兒子相比，還是兒子更重要，于是，降懿旨，令朝臣重新討論此事。順治帝用健康做代價，終于獲得了母后的支持，取得了最終的勝利。
順治十年(1653)八月二十五日，順治帝諭令禮部：
自古立后，皆慎重遴選，始可母儀天下。今后乃睿王于朕幼時因親訂婚，未經選擇，宮閫(捆)參商，已歷三載，淑善難期，不足仰承宗廟之重。謹于八月二十五日奏聞皇太后，降為靜妃，改居側宮。
順治帝的意思是說，自古以來，選擇皇后這件事情，都需要仔細認真挑選，才能真正達到母儀天下的目的。現在的皇后，是多爾袞在我小的時候，因為她是親戚的關系而指定的，我沒有經過選擇。我與皇后的關系，是水火難容，誰也不理誰，如此已經三年了，她的品德難以恢復，不能肩負起祖宗給予的對后宮全面負責的重任，在八月二十五日，我已經把此事告訴了皇太后，將皇后降為靜妃，令其居住在別的宮殿里。“宮閫”，原指后妃居住的臥室，這里則是指順治帝與皇后的夫妻感情；“參商”，“參”、“商”是天上的兩個互相不能碰見的星星，參星出來的時候，商星則正好沉沒，彼此誰也見不到誰。這里是指順治帝與皇后的關系，已經水火不相容。“宮閫參商”這句話則是說，順治帝與皇后夫妻關系不和睦，根本不可能在一起生活了。
順治帝為什么這么痛恨自己的表妹皇后呢？
根據順治帝的言語以及后來為董鄂妃所寫的《行狀》分析，他之所以執意廢掉皇后，有五大理由：