因為研究知青史，劉小萌在原先的科研隊伍里一度受到排擠，成稿的論文和書稿也遲遲不能付梓，同時，他還不能荒廢本身的專業。
“我當時是副研究員，專業上有壓力，評職稱那會就特別忙，天天熬夜，4個月寫了40萬字，那時候還沒電腦，全靠手寫，手老麻，后來憑借著論文《愛新覺羅家族全史》評上研究員，慶幸沒耽誤。現在我隔幾年就拿出一段時間來做知青研究。我老在反思，我們知識分子自己有沒有好好地利用環境來做點事。起碼，在知青史上，大的問題、大的事件目前還沒有沒寫出來。書稿老是不能及時發其實也是好事，放在那里就會老去修正它，希望它能盡量減少局限性。中國當代史研究是比較滯后的，但是知青史這一塊，現在我們跟國際上還是接得上軌的。”
因為不接近學術主流、長期獨來獨往，同事管劉小萌叫“獨行俠”，他自己苦笑，說大概是當知青時放羊的潛在影響，強化了自己的自由散漫、學術上邊緣化，和思維觀點上的自由主義。
他沒有知青情結。他憐惜所有與自己有著相似命運的人，比如他的妹妹劉小茁。這個姑娘15歲時在“工宣隊”的強制下到延安安塞插隊，新挖的窯洞還沒搬進去就塌了，萬幸撿回一條命。后來為了照顧哥哥，善良的妹妹放棄了回城，永遠地扎根在河北保定，47歲提前“內退”。
劉小萌給許多知青做的口述錄音，都是妹妹幫助整理。劉小茁把這些說話南腔北調，聲調忽高忽低的錄音，耐心地整理成文字，不為別的，就因為她也是“知青”。
“你為什么不說？”
《中國知青史——大潮》以后，劉小萌又完成了《中國知青口述史》一書，全書收錄了13位知青的各自不同經歷，劉希望用活生生的個體來補史、證史，讓歷史鮮活起來，彌補第一本書憑文獻史料研究的缺憾。
他在這個過程中結交到了不少掏心掏肺的知青朋友：許多人熱情無私地支持他，為他提供當年的史料和珍貴的照片；到哪里考察都有知青像招待貴賓兼多年老友一般招待他；他去湖南調研，知青出身的“湖南鋼鐵大王”給他一張卡，在賠錢賺吆喝的“知青酒家”里管吃管住……
1700多位知青里，選出十來個有代表意義的個體，以多元的觀點和寫作手法來呈現歷史，劉小萌說，非和知青廣泛地、長期地交朋友不可。
一位知青在做口述的時候，說母親是病死的，交往多年，一次與劉酒酣耳熱之時才吐了真言：母親是紅衛兵抄家的時候被打死的。當時兄長拿著搟面杖挺身而出：你們誰敢動我媽，我跟你們拼了！結果，也被當場打死。嫂子帶著孩子改了嫁，侄兒至今不知道自己身世。
劉小萌瞪大眼睛：你為什么不說？你哥哥是英雄啊！
雖然有著種種限制，劉小萌在《中國知青口述史》中還是盡力呈現了一幅比較全面和多元的知青眾生相。這其中，有曾經風光一時的知青典型、有返城風中脫穎而出的民間領袖，也有默默無聞的普通知青。
——張韌，知青中的“大姐”，1962年考取上海戲劇學院導演系，但她放棄了，執意下鄉，是當時著名的知青典型；
——柴春澤，一個極左路線猖獗年代的知青典型，曾被劉小萌形容為“有寫信癖”，但通過接觸了解，劉發現，這其實是一個樸實而又循規蹈矩、拘謹認真的老好人；
——劉繼業、吳獻忠，遼寧知青典型，“文革”后同遭牢獄之災。出獄后劉繼業成了大型國有企業的中層領導，吳獻忠雖然沒了黨籍，但依然堅信共產主義，以“黨外布爾什維克”自居，等待著有一天能夠重新入黨；
——安海燕，13歲遭遇“文革”，靠撿破爛養活全家，17歲下鄉當赤腳醫生，因成績突出成為典型，但就是這個給病人大膽扎針治療的赤腳醫生，居然直到新婚之夜還沒有任何性的常識，以為自己是個半男半女的“中性人”；