1998年3月5日，境外的“東突”恐怖組織“東突民族中心”用炸彈襲擊中國駐土耳其伊斯坦布爾總領館。
1998年4月7日，“東突”恐怖組織在葉城縣公安局負責人、縣政協副主席和喀什地區行署副專員住宅門前等處，連續制造8起爆炸事件，炸傷8人。
1998年5月23日，“東突解放組織”成員在烏魯木齊市華都商廈、大西門、河灘路布料批發市場、長征旅社批發市場、紅山木材市場、烏魯木齊旅社、商貿城等繁華場所放置了40多枚化學自燃縱火裝置，制造了15起縱火案，由于及時發現和撲救，才未造成重大危害。
1999年8月23日，以牙生買買提為首的十余名“東突”恐怖分子闖入喀什地區澤普縣波斯喀木鄉派出所指導員胡達拜爾迪·托乎提家中，將胡和其兒子殺害，然后縱火，致使胡妻被燒成重傷。
1999年10月11日，3名恐怖分子在和田市棉麻公司棉花收購站棉花堆中安放定時爆炸引燃裝置，燒毀棉花約2噸。
1999年10月24日，“東突”恐怖分子襲擊澤普縣賽力鄉公安派出所，槍殺2人，槍傷2人。派出所10間房屋、1輛吉普車和3輛摩托車被燒毀。
2000年3月，“東突解放組織”在吉爾吉斯斯坦槍殺了拒絕與其合作的吉爾吉斯斯坦“維吾爾青年聯盟”主席尼合買提·波薩科夫。
2000年5月，境外“維吾爾解放組織”，為籌集資金，在吉爾吉斯斯坦綁架了一新疆商人，勒索10萬美金，并殺害了該商人的侄子，之后又縱火焚燒了比什凱克中國商品市場。5月25日，“東突”恐怖分子襲擊了新疆人民政府赴吉爾吉斯斯坦處理縱火、綁架案的工作組，造成1人死亡、2人受傷。行兇后，恐怖分子潛逃至哈薩克斯坦，并于同年9月，在阿拉木圖市殺害了2名調查此案的哈薩克斯坦警察。
2001年2月3日，“東突”恐怖分子殺害喀什地區疏附縣法院干部買買提江·亞庫甫。
2001年8月，“維吾爾圣戰組織”使用自動武器襲擊新疆庫車縣公安局，庫車縣公安局黨委書記兼局長陳平犧牲，另有7名公安人員受傷。在瑞士的“東土耳其斯坦信息中心”發言人迪里夏提宣稱此事件的目的，是對此前新疆自治區領導人向香港商人訪問團承諾“在新疆投資不會受到民族問題影響”的回應。
在此期間，“東突”恐怖組織為了培訓骨干，還在新疆境內一些偏僻地區建立秘密訓練基地。如1990年“伊斯蘭改革者黨突擊隊”在葉城縣伯西熱克鄉建立了訓練基地，該基地先后舉辦3期訓練班，共培訓了60余名恐怖分子，訓練內容包括宗教極端主義和恐怖主義理論，爆炸、暗殺等恐怖活動的技能，體能訓練等。就是這些經過訓練的恐怖分子參與了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗殺、搶劫等重大恐怖活動。
1998年2月，境外“東突厥斯坦伊斯蘭運動”頭目艾山·買合蘇木派遣數十名恐怖分子入境，在新疆和內地一些偏僻地方建立了10多處訓練基地，共對150多人進行了爆炸技術培訓。同時按照境外提供的配方，大量購置化學原料，秘密制造炸藥和爆炸裝置。新疆警方于1998年9月在烏魯木齊火車北站一倉庫里，一次就繳獲制爆化學原料20多種300多箱，總重量達6噸。除了上述比較集中的培訓外，還有大量零散的，3至5人一組的小訓練點。一些訓練點同時也是武器、彈藥和爆炸裝置的制造窩點。新疆警方在打擊恐怖活動過程中，查獲了許多地下恐怖訓練點和武器彈藥制造工場，收繳了大量的手雷、手榴彈、雷管、槍支、彈藥等。
1999年，境外“東突厥斯坦伊斯蘭運動”派遣的恐怖分子在新疆和田地區7個縣市建立數十處秘密訓練基地和制造爆炸物的據點，制造了大量武器彈藥。僅被警方繳獲的手雷就有4500多枚，各種槍械98支以及大量制造工具等。